การเลี้ยงกุ้งกุลาดำในปัจจุบันประสบปัญหา และอุปสรรคมากมาย ที่ส่งผลกระทบต่อ การเลี้ยง และผลผลิต ตัวอย่างเช่น เกิดโรคระบาด, ปัญหาสภาพแวดล้อม และมลพิษ, ปัญหาสารเคมี และยาปฏิชีวนะตกค้าง, ปัญหาการปนเปื้อนของเชื้อโรค รวมถึงปัญหาการกีดกันทางการค้า และ เนื่องจากกระแสความต้องการผลิตภัณฑ์อาหารที่มีคุณภาพ ปราศจากการปนเปื้อนจากสารเคมี และยาปฏิชีวนะ ที่เป็นพิษต่อร่างกาย โดยมีกระบวนการผลิตที่ไม่กระทบต่อสิ่งแวดล้อม เกิดขึ้นทั่วโลก ทำให้ประเทศไทย ซึ่งเป็นประเทศที่มีการผลิตกุ้งกุลาดำเป็นสินค้าส่งออกเป็นอันดับหนึ่งของโลกมานานกว่า 10 ปี อีกทั้งยังเป็นผู้นำทางด้านเทคโนโลยีในการผลิตอีกด้วย ต้องดำเนินการทุกวิถีทาง เพื่อพัฒนากระบวนการผลิตกุ้งกุลาดำของไทย ให้มีประสิทธิภาพ และมีคุณภาพ เพื่อสนองต่อความต้องการของผู้บริโภค และตลาดโลกต่อไปในอนาคต

ดังนั้นในการเลี้ยงกุ้งกุลาดำ จึงจำเป็นต้องปรับปรุงกระบวนการผลิต เข้ามาสู่การผลิตระบบใหม่ คือ การใช้เทคโนโลยีชีวภาพ หรือ “Organic farm” ซึ่งการเลี้ยงกุ้งด้วยระบบชีวภาพนี้ ผู้เลี้ยงต้องคำนึงถึงการจัดการสิ่งแวดล้อมภายในบ่อเป็นสำคัญ เพราะเป็นระบบที่ไม่ต้องการให้ใช้ยา หรือสารเคมีใดๆ ปัญหาที่เกิดขึ้นในระหว่างการเลี้ยง แก้ไขโดยอาศัยกระบวนการบำบัดตามธรรมชาติ หรือใช้สารสกัดชีวภาพ เพื่อช่วยกระตุ้นการทำงานตามกระบวนการธรรมชาติ ให้เกิดเร็วขึ้นเท่านั้น เทคโนโลยีชีวภาพเกิดขึ้นในทุกขั้นตอนของกระบวนการผลิตกุ้ง ซึ่งอาจกล่าวได้ว่าเทคโนโลยีชีวภาพ สามารถลดปัญหาต่างๆ ในกระบวนการผลิตได้ ดังนี้ ลดปัญหาการใช้สารเคมี, ลดปัญหาสารตกค้าง, ลดปัญหาการเกิดโรคติดเชื้อ, ลดปริมาณการใช้วัตถุดิบอย่างสิ้นเปลือง, ลดปัญหามลพิษ และผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม, ลดปัญหาการกีดกันทางการค้า เป็นต้น และการใช้เทคโนโลยีชีวภาพนี้ ยังเป็นการผลิตกุ้งกุลาดำ ที่มีคุณภาพได้มาตรฐาน เป็นการพัฒนาสู่ระบบการเลี้ยงแบบยั่งยืน อีกด้วย

จะเห็นได้ว่า ผลิตภัณฑ์ชีวภาพที่ใช้ในการเลี้ยงกุ้งกุลาดำส่วนใหญ่เป็นจุลินทรีย์ที่มีความหลากหลายทั้งชนิด และสายพันธุ์ นอกจากนี้ ผลิตภัณฑ์ หรือสารชีวภาพ ยังมีสารสกัดจากพืชธรรมชาติ หรือที่เรียกว่า “สมุนไพร” รวมอยู่ด้วย สมุนไพร สามารถนำมาใช้เป็นสารทดแทนยาปฏิชีวนะ (Antibiotics) ได้ เนื่องจากสารสกัดจากสมุนไพรบางชนิด มีคุณสมบัติในการบำบัด และรักษาโรคในกุ้งกุลาดำได้เป็นอย่างดี